第二阶段从1998年开始到2002年，集团化发展成为出版业改革的主题。

　　从1998年左右开始，随着整个经济体制的市场化进程和加入WTO后国外资本进入压力的迫近,“做大做强出版业，迎接国际出版巨头的挑战”成为出版业的主旋律。在这个背景下，集团化发展成为出版业的应对之策，并进而成为新的中心议题。在这个思想的指导下，从1998年开始，许多省份纷纷通过行政力量将本省新闻出版局系统的出版、发行、印刷、物资供应等企事业单位甚至专业学校整合到一起，向集团化进军。在这个过程中，一些集团上升为新闻出版总署批准的国家级试点集团，一些没有挤进去的集团则成为省级集团化试点。

　　1999年11月8日，新闻出版总署发布《出版物市场管理暂行规定》，从出版物发行审批、出版物发行管理等方面对出版物市场管理作出一系列规定，在当时对建立全国统一、开放、竞争、有序的出版物市场起到促进作用。2000年7月27日，新闻出版总署发出《关于进一步加强出版物发行管理的通知》，明确实行出版物发行许可证制度，出版物发行员资格证书制度和出版物征订委托书制度，并对出版物的批发、零售、出租和开办网上书店等做出有关规定。同日还发布了《出版物批发市场管理暂行办法》，对出版物批发市场的建立及审批、出版物批发市场的管理等作出规定。这两个文件进一步完善了发行管理的有关制度。

　　2001年1月6日，新闻出版总署发布《新闻出版行业标准化管理办法》，对标准的制定与修订、标准的出版发行与咨询服务、标准的实施与监督等作出规定，成为中国出版业迈向国际化的重要举措。8月24日，中办、国办转发了经中央同意的《中宣部、国家广电总局、新闻出版总署关于深化新闻出版广播影视业改革的意见》，要求新闻出版广播影视业抓住机遇，深化改革、加快发展，更好地完成党和国家赋予的任务。

　　2002年7月25日，新闻出版总署发出《关于推进和规范出版物发行连锁经营的若干意见》，对推进和规范出版物连锁经营这一新兴业态作出具体部署。同日，新闻出版总署还发出《关于新华书店（发行集团）股份制改造的若干意见》和《关于抓紧制定出版物发行网点设置规划的意见》。前者对新华书店实施股份制改造做出部署；后者要求发行网点设置要有利于广大群众购买、租赁出版物，有利于建立布局得当、结构合理的出版物销售网络。7月29日，中共中央办公厅、国务院办公厅转发《中央宣传部、新闻出版总署关于进一步加强和改进出版工作的若干意见》，对繁荣出版、深化改革具有重要的指导意义。时至今日，出版业的国家级集团就有出版集团13家，发行集团9家，报业集团39家，期刊集团1家，而省级集团则更多。

　　党的十六的大在许多理论问题上取得了重大突破，特别是党的十六大报告将文化领域划分为文化事业和文化产业两个部分；十六届三中全会又进一步对公益性文化事业单位和经营性文化产业单位分别提出了深化体制改革的任务，使人们深化了对出版业的地位与功能的认识，从而以发展为主线，深化出版体制改革，解放和发展出版生产力。

　　第三阶段从2003年开始，企业化转制成为出版业改革与发展的方向和主线。